系广西柳州府马平县人，1862年出生于书香门第。他进入西双版纳之前，曾任云南河口镇巡防营管带。1910年，因西双版纳召片领刀承恩多次向普洱道台和省督告急，请示调兵来平息勐遮土司刀正经、头人帕雅罕亮之乱，省督唐继尧即令柯树勋率领300名兵员进入西双版纳。柯树勋用兵神速，巧施妙计，很快就协助刀承恩平息了勐遮刀正经之乱，1913年被任命为普思沿边行政总局局长。
　　
　　柯树勋是常住西双版纳的第一个汉族官吏。勐遮土司的判乱被平息之后，思茅同知黎肇元欲将勐遮、景真、勐混、勐海、勐阿改为5区，设一厅三县，但遭到了召片领刀承恩的抵制。当时思茅正发生瘟疫，黎肇元染病而死，柯树勋继任思茅同知。鉴于刀承恩反对黎肇元提出的5勐改土归流建议，柯树勋于1912年在车里设立善后总局，以“观其顺逆”，并派幕僚刘宏到缅甸勐艮考察英国人治理勐艮的办法。刘宏返回后，柯树勋将他调到了思茅厅，给上峰写了治理西双版纳的《治边十二条陈》。
　　
　　《治边十二条陈》对明清以来历次改土归流方案作了修改，并根据西双版纳的具体情况，作出了土官世袭和流官统治并存的决定。《治边十二条陈》的最大特点是保留土司制度，而“汉官担任保护”，这样既满足了刀承恩关于保留土司制度的要求，也达到了“流官”统治西双版纳、改摊派实物为派门户款的目的。　　

　　其主要内容有：
　　
　　改流：划定各勐土司的自然权利范围统辖于宣慰使司之下。柯树勋把西双版纳划分为8个行政区25个勐，每区设行政分局督办，汉官议事互为协商。这样，既顺应了土司世袭的愿望，又将大权集于汉官之手，达到了在西双版纳建立流官制度，同时又保留土司制度的目的。
　　
　筹款：规定各地方的各项税收制度，原则上“从轻征输不事重剥”。柯树勋规定除上弁头目和赤贫者免征外，每户征2元。征得的税一半分给各勐土弁头目作办公之用，一半提交行政总局为管理经费。开办银行以调节地方财政，使其经济自立。此外，禁止原有的一切苛派，建立统一的税收制度。
　　
　　官守：规定从行政总局到各分局、各勐的地方行政管理制度和职权范围，车里为西双版纳的中心，统率8区25勐的行政事务，以“整顿地方改良风俗，作富强基础为宗旨。”
　　
　　诉讼：建立地方法律的司法审判机构，规定“各勐即设官行政，凡民间鼠牙雀角随时随讯随结，扫除旧衙门一切隔壁飞以培元气。每勐设二员以录案填格，词讼等审判检察机构敷以治理，重大案件仍拟总局审理。”
　　
　　此外，还有交涉(外交)、实业、国币、通商、学堂、邮局、招垦、练兵等内容。《治边十二条陈》的实施得到了滇南观察使刘钧的“深致嘉许”，经云南省民政司兼司法司加批。“十二条”实施以后，西双版纳经济繁荣，人民安居乐业，各族人民共同维护祖国领土、主权的完整。
　　
　　1926年5月19日，柯树勋因积劳成疾，病故于住所，享年64岁。